薛瑄为官数十年，清正廉明，政声显著，享誉民间。他作诗《述怀》道：“誓将笃忠贞，于以守清白。上隆唐虞治，下布雨露恩。”薛瑄以诗明志，甘守清白，忠于国家，立志使天下得到尧舜那样的清明治理，人民享受阳光雨露般的恩泽，过上幸福美好的生活。薛瑄廉洁从政的故事流传很多，被后世称为“明代第一廉吏”。
薛瑄是明代理学大师，在中国思想史上占有重要地位，是明代思想界的巨擘。中国儒家思想自孔子孟子，至汉代的董仲舒，隋唐的王通、韩愈，两宋的周敦颐、程颢、程颐、朱熹，发扬光大。到了明代，薛瑄的理学思想继往开来，继承并弘扬了程朱的理学思想。
他十分注重实践知识，笃实践履，他说：“人于‘实’之一字，当念念不忘，随时随处省察于言行居处应事接物之间，心使一念一事皆出于实，斯有进德之地。”(《读书录》卷二)薛瑄一生竭力倡导“实学”，躬行实践，所以人们称薛瑄的学说为“笃实践履之学”，他本人被誉为“实践之儒”。
薛瑄强调修身律己，恢复人性。他认为读书学习，是为了掌握知识，更好地完善自我，而不是为了做官：“后之学者读圣贤之书，但资以为词意之用、利禄之阶，而不知一言之切于身心。”(《读书录》卷七)复性学说是薛瑄的理学思想的精华，他一生都在努力实现这个目标，这是他一生奉行的宗旨。他说：“每日就身心、言行、应事、接物处，紧紧体认仁、义、理、智四者，体认得是则行不错。”(《读书录》卷四)他每天用仁义理智，即仁爱、正义、事理、智慧，来要求自己，检视自己的行为，规范自己。
中国思想界有“北薛南王”之说，北方为薛瑄，南方为王阳明。《四库全书提要》认为，明代的思想流派，不是属于薛瑄的河东学派，就是出自王阳明的姚江学派。可见，当时薛瑄在明代的学术地位之高。
明代隆庆五年()九月二十九日，经过朝廷审议，皇帝下诏，薛瑄进入孔庙从祀。朝廷派遣国子监祭酒马自强主持大典，致祭道：“兹者廷臣议奏，故礼部左侍郎兼翰林院学士赠礼部尚书谥文清薛瑄，笃志圣贤，潜心理义。嘉言善行，模范后人。理宜从祀。爰命有司具主，附于前代先儒之后，以昭盛典。特遣祭告，惟神鉴歆。谨告。”从此薛瑄进入孔庙，享受到每年春秋两季在孔庙祭祀的殊荣。
值得一提的是，当年推荐从祀孔庙的人有薛瑄、陈献章、王阳明、陈献章4人，只有薛瑄一人获准从祀。直到13年之后，其他3人才从祀孔庙。因此说，薛瑄是明代从祀孔庙第一人。由此可见，薛瑄在当时思想界的地位要高于王阳明。
中国封建社会两千年的历史中，在孔庙享受祭祀的共有位，其中包括孔子的72弟子和孟子的弟子，剩下的仅仅90余人，都是中国古代的世之楷模、思想大家、古圣先贤。