我国封建帝制沿袭千年，其中起到培根固本的作用的就是儒家思想，无论汉人朝代，还是少数民族统治的时代，如要延续朝代气运，其在位帝王必须遵循儒教，信奉孔子思想，并且群臣百官更视孔子为偶像，顶礼膜拜，所以孔孟思想和封建帝制王朝共同存在了几千年，相辅相成。但是儒家中的一些思想势必会与帝制集权有所冲突，就像我们接下来要说的明朝皇帝朱元璋。
孔子为万世尊崇，尤其是读书人朱元璋早年家破人亡，生活艰苦，后出家为僧，但在以后的征战生涯中，朱元璋的思想文化却得到了较大的进步，特别是儒家思想，更是有着浓厚的情结。时群雄割据，天下大乱，乱，朱元璋的麾下有好多知识分子，像李善长、宋濂等，无形之中朱元璋就受到了他们的影响，于是朱元璋开始了边工作边学习，史书记载：“吴王（朱元璋）微时，日不知书，起兵后，日亲诸儒，浏览神解，手撰书檄，注射简峭，文士顾不及也。”并且朱元璋博闻强记，苦心孤诣，曾颇为自负地向他的手下炫耀：“朕本田家子，未尝从师指授，然读书成文，释然开悟，岂非天生圣天子耶！”
孟子开国之后，朱元璋遵循孔孟之道，用儒家思想重新建立统治秩序，尤其对孔子颇为尊崇，每年皇帝都亲自降香，拜祭孔子。曾告诫百官说：“仲尼之道，广大悠久，与天地并，有天下者莫不虔修祀事。朕为天下之主，期大明教化，以行先圣之道。今既释尊成均，仍遣尔修祀事于阙里，尔其敬之。”并且自觉遵守孔子所制礼乐为圭臬（理解为根据）。可见朱元璋对儒家思想的推崇之至。
孔庙但是要知道儒家思想不仅可以帮助帝王巩固权力，也有许多与集权相悖的道理，因为集权不是私欲，若天一一人而治，其必须遵循一些规律，比如孟子所说：“民为重，社稷次之，君为轻。”朱元璋对孟子的一些思想都是认可的，但对于其他一些类似上述的民本思想则是极为反感。比如孟子说过“五百年必有王者兴”之类的话，朱元璋就会想到自己，很是高兴，但像“君之视臣如犬马，则臣视君如国人；君之视臣如草芥，则臣视君如寇仇。”，以及“君有大过则谏，反覆之而不听，则易位。”这类言语可谓是讨厌之至，由此也可联想到朱元璋对待臣下的关系，以及兴起大狱，屠杀大臣的举动。相传洪武五年，朱元璋读到《孟子》的“民为重，社稷次之，君为轻。”时，感到背部如万点寒芒刺来，心生恐惧，忽然扔掉手中的书，怒吼道：“使此老在今日，宁能免耶！”
《四书》科举必考内容，孔孟更为天下师按照习惯，每当祭祀孔子的时候，孟子就要摆在旁边接受配享，后朱元璋下令将孟子像丢出殿外，如果群臣有反对者，直接杀死。但还有一些对舍生卫道，尊崇孟子的臣子进言，刑部尚书钱唐：“臣为孟轲死，死有余荣。”后被朱元璋连射两箭，幸免于死。朱元璋也因此感动，下旨恢复孟子原来的配享。
朱元璋整肃四次，牵涉被处死3万余众后来朱元璋的权欲已经到达了顶点，对待孔子思想也想动摇，他曾下旨说祭拜孔子不用全国举行，仅孔子故乡举办即可。不料遭到群臣反对，又是钱唐率先上书道：“孔子垂教万世，天下共尊其教，故天下得通祀孔子，报本之礼不可废！”接着，刑部侍郎程徐、国子监司业宋濂等都表示反对，朱元璋也不敢一意孤行，就只将宋濂贬为安远知县，其他人概不追究。于是朱元璋深深感受到孔孟思想感召力量的强大，自己一人若倒行逆施，势必丢掉人心。
宋濂洪武二十七年，朱元璋命学术权威，翰林院大学士刘三吾对《孟子》一书进行编排，实则删除了其中妨碍其君权的一些内容。这一系列举措都预示着明朝政策的苛刻，以及君对臣的非人道作为。
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