年的一天深夜，正当洪秀全与后宫美女大被同眠之时，杨秀清假借“天父降身”，突然闯入天王府，将洪秀全的所有妻妾从热被窝里叫出来，斥责道：“全宫及清等内殿，一切事宜即俱要选老成椒女为娘娘、王娘掌理内务，以为内助。尔们思之，朕回天矣。”说完扬长而去。同年七月的一天“早朝”，百官皆准时到东王府听令，而洪秀全的大哥洪仁发因突发事件晚到了一会儿。杨秀清便认为洪仁发不尊敬他，于是下诏命其到东王府请罪，并命人杖责之。年，杨秀清以洪秀全“无辜殴打府内女官”为由，又一次假借“天父降身”，责令洪秀全立即到东王府请罪。
无奈之下上，洪秀全只好离开天王府，孤身来到东王府，聆听“父亲”杨秀清的教诲。其实，这也是洪秀全进入天京11年来唯一的一次走出过天王府。到了东王府，杨秀清本着“人人平等”的观念，对洪秀全的行为进行了严厉的斥责，并当众打了洪秀全三十大板。不过，洪秀全很能隐忍，杖刑过后，反而找了一个机会，邀请杨秀清和其他诸王一同饮宴，并在酒桌上当着所有人的面表示，自己会多听东王的教导。年6月，太平军攻破清军的江南和江北大营后，杨秀清以此大功为由，再次假借“天父降身”，来到天王府，并命人叫洪秀全立刻前来听旨，并要求洪秀全封自己为“万岁”，洪秀全只能同意。
此事，在《金陵杂记》、《金陵省难纪略》和《李秀成自传》中均有记载。可以说，当时的军政大权皆在杨秀清之手，几乎太平天国的所有旨意皆出自东王府，而身为天王的洪秀全只不过是个名义上的精神领袖。因此，基本被架空的洪秀全，这才有了所谓的“不务正业”的说法吧。年，著名学者王庆成访问英国时，曾在伦敦图书馆发现一批太平天国时期的“圣旨”，并无一份出自洪秀全之手，而是出自东王杨秀清和西王萧朝贵。其中，有份是出自杨秀清之手。例如：最让人奇怪的是我们所熟悉的女状元“傅善祥”却在“圣旨”中写成了“伏善祥”，不知是何缘故？对此，有些人可能颇为费解，洪秀全为何如此怕杨秀清呢？因为，洪秀全创立拜上帝会之初，因打砸孔庙，遭到官府镇压，传教的冯云山（后来的南王）也被官府所抓，而洪秀全却侥幸逃脱。
这时，眼看拜上帝会面临分崩离析的局面，刚刚病愈的杨秀清急忙站了出来，假借天父下凡的名义，代天父传旨，鼓舞人心，从而成功发动了“金田起义”，也因此确立了他的领导地位。但是，洪秀全在创立“拜上帝教”时，却声称“上帝是我父，耶稣是我兄”。然而，杨秀清却称自己是“上帝（天父）”，西王萧朝贵则称自己是“天兄耶稣”，自然杨秀清就成了洪秀全的“父亲”，萧朝贵便成为洪秀全的“兄长”。因此，便出现了“天父”杨秀清常常对“儿子”洪秀全教诲的一幕。不过，后来太平天国的发展，正如军师洪仁所说：“过去东王在世时，拓土开疆，犹有日辟百里之势，而今进寸退尺，战胜攻取，大逊于曩时”杨秀清确实是一位军事天才，带领太平军驰骋疆场，开疆拓土，对太平天国的立国起到了极为重要的作用。
数年间，杨秀清由一名贫苦的煤炭工变成了太平天国的二号人物，而他也在权势的面前渐渐迷失了自我，变得为所欲为，嚣张跋扈，几乎将太平天国的高中层人物全部得罪。因此，也为自己的可悲下场，掘了一个大大的坟墓。虽然，人们多知洪秀全荒淫贪色，其实杨秀清更有过之，但他却不准其他将领与妻子同床共眠。为此，他借“天父附体”之名，曾对北王韦昌辉和燕王秦日纲进行严厉斥责，而秦日纲也遭到他的杖刑。更为过分的是，他认为将领卢贤拔和陈宗扬与妻子“私自交合”有罪，随将他们捉拿，并将不认罪的陈宗扬斩首示众，而准许“认罪态度”较好的卢贤拔戴罪立功。
有一次，韦昌辉的兄长与杨秀清一个小妾的兄长因为一块土地，发生了争吵。小妾的兄长通过妹妹的关系，添油加醋说了许多韦昌辉兄长的不是。而杨秀清则不分青红皂白，派兵将北王府团团包围，要韦昌辉给个说法。无奈之下，韦昌辉只好含泪将哥哥五马分尸。年，韦昌辉斩首了一批兵变的士兵。杨秀清得知后，认为士兵变乱是因韦昌辉殴打士兵引起的。因此，他命人将韦昌辉当众打了数十大板，致使韦昌辉连日来卧床难起。还有一次，杨秀清的一位远房族叔路经燕王秦日纲的府邸时，由于燕王府门口的马夫没有向其族叔施礼，族叔便对马夫抽了两百鞭子。
但是，族叔仍旧不依不饶，并将马夫押到了掌管刑狱的黄玉昆处要求严惩。对于此事，黄玉昆认为就是个礼节性的小问题，已经打了两百鞭子，没有必要再行追究。但是，这位族叔却是余怒未消，随后向杨秀清“告状”。杨秀清听后，同样不分青红皂白，大怒之下罢免了石达开岳父黄玉昆的一切职务，还打了三百军棍，并对马夫处以五马分尸之刑。因此种种，受过“迫害”的洪秀全、韦昌辉、秦日纲以及石达开等人，便欲诛杀有不臣之心杨秀清的想法。年8月底，韦昌辉和秦日纲于夜间带兵突袭了东王府。当时，由于东王府和天王府一样，都由女子充当侍卫和传令官，当然也包括侍寝，并无男兵驻守。所以，东王府很快便被攻破，杨秀清也死于乱军之中。一代豪杰，就此走完了自己传奇而有悲剧的一生。同时，受株连被杀者达2万余人，史称“天京事变”，而杨秀清则被史学家罗尔纲称为“天京事变的祸首”。9月1日，顺着秦淮河水从天京城内漂流出大量尸体。因此，清军判断天京城内发生了重大内讧。随后，清军对天京的攻势越来越激烈，直到城破。所以，手握实权的杨秀清，不是斗不过“不务正业”的洪秀全，而是失败于个人的“嚣张跋扈、妄逞威风”。