众所周知晚清时期是中国历史上一段积贫积弱落后挨打的屈辱岁月，然而就是这段屈辱岁月中也曾出现过一抹亮色：年中亚浩罕汗国的阿古柏侵略军在英、俄两大帝国主义列强的支持下入侵新疆。当时已70岁高龄的老将左宗棠毅然抬棺出征，从而成功保住了我国六分之一的国土。左宗棠的功绩与才能不仅得到了国人的认可，也同样得到了国际社会的承认：在年美国《时代》周刊评选的全球年内40位智慧名人中左宗棠就榜上有名。
晚清时期的中国处于多事之秋：外有列强入侵造成的数千年未有之大变局；内有太平天国运动、捻军起义、回民叛乱。在太平天国运动和陕甘地区回民叛乱的影响下新疆各地豪强趁机割据一方、各自为王。当时围绕喀什噶尔展开争夺的伊斯兰教白山派首领马木提艾和柯尔克孜族部落头目司迪克相继致书中亚的浩罕汗国争取外援。年浩罕汗国的阿古柏侵略军入侵新疆。阿古柏在新疆建立了所谓的“哲德沙尔汗国”。年阿古柏又越过天山攻陷北疆的乌鲁木齐以及吐鲁番盆地等地。
趁火打劫的沙皇俄国在年7月4日占领了伊犁地区，就在清政府准备出兵收复新疆之际日本政府派陆军中将西乡从道率军人进犯台湾。一时间中国的东南海疆和西北边防同时告警。在这种严峻的形势下左宗棠一针见血地指出了新疆作为国家西部屏藩的战略意义：“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。西北臂指相连，形式完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙部不安，非特陕甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山亦将无晏眠之日。中国的山川形胜皆起自西北，弃西部即弃中国”。
年左宗棠根据新疆的敌情和地理特点制定了“先南后北”、”缓进急战“的战略方针。进军西北首先要解决筹兵、筹粮、筹饷、筹转运的问题。左宗棠在给朝廷的奏稿中提到：“粮、运两事为西北用兵要着”。当时左宗棠在肃州（酒泉）集结起了以道员刘锦棠部、都统金顺部、提督张曜部为主的七万西征军。不过这七万西征军并非全部参与了入疆作战，这一方面是因为受制于粮草转运的困难，另一方面左宗棠还必须留足兵力应对英、俄两大列强的威胁。
阿古柏侵略军与英、俄两大列强既有勾结又有斗争。收复新疆之战的正面之敌是阿古柏侵略军，但与此同时英、俄两大列强也在暗中观望。俄国甚至趁阿古柏侵占新疆大部分地区时趁火打劫侵占了伊犁地区。因此左宗棠在与阿古柏侵略军正面交锋的同时还必须留足兵力应对英、俄可能干涉的风险。这就决定了七万西征军不可能尽数入疆作战。另一个导致七万西征军不可能尽数入疆作战的原因就是后勤补给问题。最后实际入疆与敌接战的是以刘锦堂部为先锋的三万精兵。
俗话说”兵马未动粮草先行“——由此可见后勤保障对战争的重要性。左宗棠在集结军队的同时也在紧锣密鼓进行着筹运粮饷等后勤补给工作。左宗棠用新疆对国家巨大的战略意义说服了慈禧太后支持收复新疆之战。慈禧为了支持左宗棠打赢这一仗从大清国库中拿出了最后压箱底的多万两白银，但这多万两白银还不够西征大军撑10天。毕竟西征大军是7万多人的部队：尽管实际进入新疆与侵略军作战的只有3万人，可不管是入疆作战的官兵还是留在甘肃防御英、俄的官兵都得吃饭吧？
如果连基本的粮饷都跟不上，那么又何谈打下去的希望呢？慈禧其实也知道左宗棠为难，所以她下令全国各省交纳协饷万两。所谓协饷就是要求富庶省份在已向国库交纳额定税收之后留下来的备用部分用来支援相对贫瘠的省份。现在为了收复新疆这个大目标要求各省在向国库完税后再紧急交纳一笔额外的协饷。其实这种事在清代历史上是早有先例的：乾隆年间平大小和卓之乱、道光年间平张格尔叛乱都曾采用过与此类似的办法。
在乾隆年间江南各大省份随便拎出来一个都可以支撑得起这样一场战争。道光六年（年）当年被乾隆皇帝平定的大和卓波罗尼都之孙张格尔从境外潜回国内发动叛乱。事实上张格尔叛乱并非一场单纯的国内分裂势力的叛乱行为。张格尔曾在英国控制的阿富汗首都喀布尔留过学，还曾接受过英国人的顾问、训练和武器，所以张格尔叛乱的背后是有英国人支持的。这实际上是一场内外勾结的旨在分裂国家的叛乱行动，是英国扶植下的一场旨在入侵中国的代理人战争。
当时清军在新疆的驻军大多布置在天山以北，而在广袤的南疆地区只有大约四千名驻军。叛乱爆发后的短时间内南疆地区的喀什噶尔、英吉利沙、叶尔羌、和田等重镇几乎全部陷落，除阿克苏以外的全部塔里木盆地南缘地区尽皆陷入敌手。消息传到北京后道光皇帝调集伊犁、乌鲁木齐和陕、甘、川等地满汉官兵以及京旗官兵、黑龙江与吉林等处马队合计4万人马入疆平叛。道光八年（年）五月清军生擒叛军头目张格尔。至此这场历时近两年的平叛战争以清军成功收复所有南疆失地告终。
事实上清王朝的中衰在道光年间平定张格尔叛乱时就已表现得相当明显：一是军队素质直线下降、武器装备陈旧腐朽；二是国库的空虚使军队面临严重的后勤保障问题。道光皇帝在平定张格尔叛乱后算过一笔账：调集四万大军入疆作战每月所需粮食达一万五六千石之多，整个平叛战争期间的军饷开支为一千一百余万两白银......左宗棠收复新疆尽管只用了3万人马，但实际上还有4万人马留守甘肃防备英、俄。更何况这时随着武器装备的发展已使战争烈度大大加强了。
由此可见左宗棠收复新疆所需资金只会比道光年间平定张格尔叛乱更多。我们姑且以道光年间入疆平叛花费的一千一百余万两白银作为参考标准就会发现左宗棠在资金上所面临的困境：慈禧从国库中拨付的多万两白银加上各省交纳的万两协饷还不到道光年间入疆平叛花费的一半，而左宗棠实际所需的资金是要超过道光年间入疆平叛所花费的一千一百余万两白银。如此巨额的开支如果放在康乾盛世时期倒也不算什么，然而在嘉道中衰以后可就是一个庞大的数字了。
乾隆三十年（年）以后国库每年的白银储备都保持在万两以上。乾隆四十二年达到了两的历史最高纪录。不差钱的乾隆曾六次南巡江南、五次巡幸五台山、五次祭告曲阜孔庙、七次东巡、两次巡游天津、一次登嵩山、一次游览正定、多次避暑热河。此外乾隆还大兴土木修建避暑山庄、圆明园等工程。乾隆自己所津津乐道的“十全武功”中有些其实并不是出于国家战略而打，说白了就是完全为了给自己凑足所谓的“十全武功”才打的。
乾隆年间频繁的巡游和战争、各种浩大的土木工程动辄就要花费数百乃至数千万两白银。嘉庆年间为镇压白莲教起义、天理教起义又花费了大量白银。道光皇帝即位后的前十四年间平均每年的国库存银已锐减到万两。这还是在鸦片战争前清政府尚未背负沉重赔款压力的前提下，而到了鸦片战争之后清政府的财政体系因为背负了赔款压力更加入不敷出。晚清时期各种天灾人祸不断：对外要应对列强入侵，对内要镇压各种起义，与此同时水灾、旱灾、瘟疫等各种自然灾害也层出不穷。
道光年间平定张格尔叛乱的开支几乎快占到清政府国库全年总收入的一半了，等到左宗棠要收复新疆时即使把国库掏空也不够支撑这样一场战争。朝廷就是砸锅卖铁也再难拿出一文钱了，那么似乎除了找外人借钱之外也没别的办法了。当时朝廷为筹措西征大军的军需粮饷让恭亲王向洋人举债都被拒绝，所以西征军的经费问题最后还得左宗棠自己解决。明明是为了国家民族大义，然而却不得不自己设法筹钱。这就是左宗棠收复新疆所面临的现实处境。
早在镇压太平天国时就开始为左宗棠筹备军饷的胡雪岩以江苏、浙江、广东海关收入作担保，先后六次出面借外债万两白银，解决了西征军的经费问题。然而当左宗棠收到这笔巨款后却痛哭流涕道：“其无耻也，臣之罪也”。这是因为左宗棠深知举借外债不仅需要承担高额的利息，而且还会令国家丧失主权。可在当时举步维艰的财政体系下为了收复新疆、为了捍卫国土的完整实在是不得已而为之。左宗棠借钱的时候从来不手软：只要有银行愿意借钱，那么不管多高的利息都接受。
其实倒不是左宗棠故意专挑利息高的银行借钱，而实在是现实环境下不得已而为之。当时列强对清政府的财政体系普遍不看好。左宗棠在这种情况下要借钱打仗其实是有很多外国银行不愿借的。怎么才能让这些外国银行同意借款呢？正所谓风险越高收益越高：既然人家借钱给你左宗棠是冒着风险的，那么你在利息上可不就得满足人家的要求吗？所以在借钱这件事上外国银行占据着主动权，而左宗棠实际上属于被动接受：你要打仗要借钱就得依着人家的要求来。
从左宗棠借到钱后痛哭流涕地说：“其无耻也，臣之罪也”这样的反应可以看出左宗棠对借钱打仗的危害性看得一清二楚。外国商人才不关心中国能不能收复新疆，他们所关心的只是自己的利益能否得到保障，所以外国银行在借款给左宗棠时通常都会要求用盐税、关税作为抵押。借钱打仗不仅使朝廷背负了高额的债务，而且也导致了国家关税主权的丧失。很显然左宗棠主观上根本就不愿接受如此苛刻的条件，可要实现收复新疆、捍卫领土完整这个大目标就不得不有所取舍。
左宗棠就是在如此不利的局面下好不容易筹措到了西征大军的粮草军饷，接下来的问题是如何将粮草军饷运到前线战士们的手中呢？经过慎重思考后左宗棠在归化（呼和浩特）和肃州（酒泉）分别设立北局和南局负责南北两路的粮草补给。左宗棠在战前进行的这一系列准备工作为成功收复新疆奠定了坚实的基础。年8月上旬西征军刘锦棠部在金顺部的配合下采用声东击西的战法：避开供水困难的大道，走敌人严密防守但水源充足的小道，一路迫近到乌鲁木齐北面的重地古牧地（今米泉）。
在扫清敌方外围据点后用大炮轰塌城墙，于17日从缺口冲入城内并一举歼敌五千余人，次日收复乌鲁木齐，叛军白彦虎、马人得等仓皇南逃。随后左宗棠命刘锦堂部驻守乌鲁木齐：一方面防止阿古柏军北犯；一方面继续清剿山中残敌。同时左宗棠又命金顺部挥军西进：一时间昌吉、呼图壁、玛纳斯北城之敌皆闻风溃逃。9月初金顺部开始进攻玛纳斯南城，然而一个多月后仍未能攻克玛纳斯南城。这时刘锦堂、伊犁将军荣全先后率部增援会攻该城，最终清军于11月6日攻克该城。
至此天山北路被阿古柏占领的地区已全部收复。由于此时正值冬季大雪封山之际，所以刘锦堂部就地筹措军粮并为来年进军南疆进行休整。清军休整期间英国作为阿古柏的幕后支持者试图阻挠清军前进：当时英国刚迫使清政府签订《烟台条约》，随即又表示愿出面调停清政府与阿古柏政权之间的冲突。英国试图迫使清政府承认阿古柏政权为属国政权，这实际上是对中国主权完整的公然侵犯。总理衙门则把英方的建议书转交左宗棠讨论。
左宗棠回复道：“英人若要为阿古柏立国则割英地与之，或即割印度地与之亦可，何以索我膏腴之地以市恩？”俄国作为与英国在中亚角逐的老对手也在这时跳了出来。俄国人在这时施展了典型的两面派手法：一方面鼓励阿古柏继续与左宗棠的平叛大军对抗，另一方面又利用阿古柏的窘境迫使其签订《俄阿边界条约》，从而将中国西北大片领土划入俄国。俄国其实想的是在日后迫使清政府承认既成事实。阿古柏在英、俄两大列强的支持下调重兵在达坂城、吐鲁番设立了两道防线。
同时阿古柏自己则坐镇喀喇沙尔（今焉耆）做垂死挣扎。年4月14日收复了乌鲁木齐的刘锦棠部自乌鲁木齐南下达坂城。与此同时张曜部自哈密西进，记名提督徐占彪部出击巴里坤。刘锦棠部于4月19日攻破达坂城，击毙和俘虏敌军余人，随即分兵一部助攻吐鲁番，主力部队则直捣托克逊。驻守在托克逊的阿古柏次子海古拉于4月下旬弃城西逃。这时张、徐两部也已连克辟展、胜金台等地，吐鲁番守敌白彦虎望风西窜，马人得率部投降。
至此清军在半个月内连克两道防线、歼敌万余。战争进行到5月下旬时左宗棠的西征大军已取得收复新疆的决定性胜利，眼见大势已去的阿古柏在库尔勒服毒自杀，其长子伯克·胡里在库车杀死弟弟海古拉后在英国的扶持下于喀什噶尔（今喀什）称王。年4月14日左宗棠以刘锦棠部为”主战“之军，以张曜部为”且战且防“之军，长驱南进逼近敌军的大本营喀什。这时新疆各族农牧民纷纷拿起武器配合清军打击敌人：新疆地区各族民众纷纷为清军指引带路，主动配合清政府的军事部署。
在新疆当地各族农牧民的配合下清军的南进行动十分顺利。到了这年9月英国再次向清政府总理衙门提出立喀什噶尔为中国“保护国”的要求，在左宗棠连战连捷的战局下一向以对外软弱著称的清政府破天荒地拒绝了英国这一无理要求。到了这年10月份刘锦棠部以势如破竹之势驰骋两千余里，相继收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等南疆东四城。至此盘踞在叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、和阗（今和田）、喀什噶尔南疆西四城的敌军已成孤立之势。
12月中下旬刘锦棠部又连克喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔，伯克·胡里逃入俄境。年1月2日清军攻克了阿古柏政权在新疆的最后据点和阗。尽管阿古柏政权已然覆灭，然而这时新疆全境并未完全收复。这是因为此时伊犁地区仍被沙皇俄国所占据。光绪七年（年）2月24日清政府与沙皇俄国在圣彼得堡签定了有关归还新疆伊犁地区的条约：中国据此收回了伊犁九城及特克斯河流域附近的领土，但仍割让了塔城东北和伊犁、喀什噶尔以西约7万多平方公里的领土。