孔庙内的孔宅故井，相传孔子用过井中之水，明代立碑建栏，清乾隆帝来此曾饮井水，写有《故宅井赞》：疏食饮水，曲肱乐之。既清且渫，汲绳到兹。我取一勺，以饮心思。呜呼先圣，实我之师。
曲阜的衍圣公府（孔府），衍圣公是从宋朝的公元年开始，对孔子的嫡长子孙封号，府邸始建于明洪武年间的公元年，后世多有修建，图中孔府为时年十岁的孔子第77代后裔孔德成所居，门匾题为“圣人之门”。
孔庙内的鲁壁遗存，秦始皇焚书坑儒时，孔子第九代孙孔鲋将《论语》《尚书》《孝经》的经书藏于壁中，在其有生之年从未打开，直到汉景帝之子刘馀被封为鲁王，其在曲阜扩建宫室，拆除孔府建筑，在壁中发现竹简，这些珍贵的典籍方重现天日。明弘治年间重修孔庙，立碑至今。
孔庙圣迹殿内，由清康熙帝手书的“万世师表”的四块石刻。
位于孔庙杏坛东南的先师手植桧，为孔子亲手栽种，历经余载，历史上几度枯荣，从西晋怀帝时的公元年枯死，到隋恭帝时的公元年复生，至唐高宗时的公元年再枯，宋仁宗时的公元年再荣，金宣宗的公元年又被兵火所毁，元世祖忽必烈时的公元年从原根复发新枝，明孝宗弘治年间的公元年遇火灾被毁，到清雍正时的公元年再发至今。
孔庙内的太和元气坊，建于明嘉靖时期的公元年，太和是指天地、日月、阴阳会合、冲和之气，元气是指“金、木、水、火、土”，将孔子学说比肩为世间万物之本。坊上四字为当时的山东巡抚曾铣所书，曾铣后为抗蒙戍边的名将，却遭严嵩陷害蒙冤而死。
孔庙同文门内保存的汉代石碑。