孔林本称至圣林，是孔子及其家族的墓地。孔子死后，弟子们把他葬于鲁城北泗水之上，那时还是“墓而不坟”，意即没高土隆起。到了秦汉时期，虽将坟高筑，但仍只有少量的墓地和几家守林人。汉代以后，随着孔子地位的日益提高，孔林的规模越来越大。东汉桓帝永寿三年（公元年），鲁相韩勅修孔墓，在墓前造神门一间，在东南又造斋宿一间，以吴初等若干户供孔墓洒扫，当时的孔林“地不过一顷”。到南北朝高齐时，才植树株。
孔林，历经后世扩充增建，形成如今规模。宋代宣和年间，又在孔子墓前修造石仪。元文宗至顺二年（公元年），孔思凯主修了林墙，构筑了林门。明洪武十年（公元年）将孔林扩为亩的规模。雍正八年（公元年），大修孔林，耗帑银两重修了各种门坊，并派专官守卫。据统计，自汉以来，历代对孔林重修、增修过13次，增植树株5次，扩充林地3次。整个孔林周围垣墙长达7.25公里，墙高3米多，厚约5米，总面积为2平方公里，比曲阜城要大得多。可以说，孔林作为一处氏族墓地，多年来葬埋从未间断。在这里既可考春秋之葬、证秦汉之墓，又可研究我国历代政治、经济、文化的发展和丧葬风俗的演变。年国务院公布为第一批全国重点文物保护单位。
“墓古千年在，林深五月寒”。如今，孔林内已有树10万多株。相传孔子死后，“弟子各以四方奇木来植，故多异树，鲁人世世代代无能名者”，时至今日孔林内的一些树株人们仍叫不出它们的名字。其中柏、桧、柞、榆、槐、楷、朴、枫、杨、柳、檀雒离、女贞、五味、樱花等各类大树，盘根错节，枝繁叶茂；野菊、半夏、柴胡、太子参、灵芝等数百种植物，也依时争荣。行走孔林，松柏成荫，处处茂盛，不愧是一座天然的植物园。
进入孔林，从北边古亭往西一转，便看到一座高大的坟冢，这就是孔子及其夫人亓官氏的合葬墓。
孔子墓位于孔林中部偏南地段。封土东西30米，南北28米，高5。墓前石碑2通。前碑篆书“大成至圣文宣王墓”，碑阴正书“奉政大夫修正庶尹礼部郎中赐食三品禄直文渊阁永嘉黄养正书”，下款书“大明正统八年岁次癸亥十月一日五十九代孙袭封衍圣公孔彦缙五十八代孙承事郎曲阜世职知县孔公堂等立石”。后碑篆书“宣圣墓”三字，上款正书“门生益津高 书”，下款书“甲辰春二月既望五十一代孙元措立石”。甲辰年，据推算为蒙古乃马真（年）。
据《阙里文献考》记载，当时孔子的墓“茔不过百亩，封不过三垅，祠，宇不过三间”，后经历代恢扩，才日就宏丽。今孔子墓封土东西30米，南北28米，高5米，似一隆起的马背，故称“马鬣封”。墓前石碑两座，为孔子五十九代孙袭封衍圣公孔彦缙所立；后碑篆书“宣圣墓”，为孔子五十一代孙袭封衍圣公孔元措所立。碑前有石供案、石鼎、石制香炉、石砌拜台及砖砌花棂围墙等。石台，初为汉修，唐代时改为泰山运来的封禅石筑砌，清时又予以扩大。石案为明代雕刻，石鼎为清雍正十年（年）制作。原来在神道旁有金章宗年间立的“官员人等至此下马”碑，宋真宗年间立的“辇路”碑，明代立的孔子神道碑现已无存。孔子墓东为其子孔鲤墓，南为其孙孔伋墓，墓葬布局名为携子抱孙。
“断碑深树里，无路可寻看”。在万木掩映的孔林中，碑石如林，石仪成群，除一批著名的汉碑移入孔庙外，林内尚有李东阳、严嵩、翁方钢、何绍基、康有为等明清书法名家亲笔题写的墓碑。因此，孔林又称得上是名副其实的碑林。