前言
三皇庙始见于元代，是祭祀上古三皇———伏羲、神农、黄帝的场所。三皇庙出现并遍地开花于元代，绝非偶然现象，它既是三皇信仰本身发展的产物，也是儒医合流的产物，背后隐含着儒家、医家在各自独立发展时又相互交汇的要素。
这种合流的影响之大，甚至引起元代儒家道统的进一步建构和完善。关于儒家、医家发展脉络和儒家道统建构等相关问题，学界讨论已经很多，相关综述无法一一呈现于此。程民生《宋代医生的文化水平和数量》一文，提到了两宋时期官方对医学的空前重视以及医生文化水平的极大提高，并谈到了两宋“儒医”的首次出现。
实际上，从儒学、医学自身的发展脉络及儒医合流的角度看，该文呈现出的两宋时期医生现状正是后来元代儒医合流的先兆。关于三皇和三皇庙的总体考察较少，顾颉刚、杨向奎、吕思勉等前辈学者曾对三皇的缘起、演变、具象化等问题作过详细考释。
荣真的《中国古代民间信仰研究》从民俗学的角度，特别是从三皇故事流变、信仰传承的角度考察了元代三皇祭祀兴起的原因。张世清的《元代医祀三皇考》注意到了元朝独有的医家祭祀三皇的现象，认为这是医学发展到一定程度和元朝维护统治的必然产物。
此后，又有杜谆的《由圣到医：元代医祀三皇考》进一步分析认为“元代独特的政治、文化背景，尤其是蒙古人的重医传统和医者的行业习俗，促成元时三皇神格由上古圣王到医药之祖的转变”。
其文认为，在三皇祭祀问题上，儒家和医家是呈现出对抗一面的。医家由于窃取了儒家的三皇神，引起儒家反弹，但由于元代医家地位的提高和儒家地位的衰落，导致这种反弹最终并未见效，三皇仍由医家主祀。这些研究成果对我们认识三皇庙、儒医合流及元代儒家道统建构问题极有助益，但没有将这三者统一起来进行考察似显不足。
事实上，儒医合流是医家、儒家自身理论发展，特别是医家发展到一定阶段的产物。而三皇庙虽起自官方对医家祖述三皇的支持，但其蓬勃发展则有赖于儒医合流之下医家、儒家的共同参与。这种共同参与的具体表现，从微而至著，既有医家延请儒家学者撰写三皇庙的记文和碑文，也有最后儒家号召全民参与三皇祭祀。
无论从何种角度看，这种共同参与都是合作性，而并非对抗性的。且在此过程中，儒家也并非一成不变，而是进一步完善自身的理论体系，特别是进一步完善儒家道统的建构。
对三皇的祭祀，最早见于唐代。《新唐书·百官志三》载唐玄宗天宝六载（７４７）于都城长安“置三皇五帝庙署”，“祠祭三皇，厥后因之而不废”。“三皇五帝”，历来说法不一，唐代所置的“三皇五帝”具体指哪些圣贤，已经不得而知了。
两宋时期，未见地方大规模祭祀三皇的记载，但是从部分元人的记述中可以发现，至迟到宋徽宗崇宁年间，就有医家祭祀三皇的行为。据林过所撰《三皇庙记》称，“医学颛得祀之者，自宋崇宁始”。楚惟善的《三皇庙记》亦称，“至宋崇宁间，复命医学祀三皇”，可知医家祭祀三皇并不是元代首创之举，早在北宋便已经有先例。
据此，把元代医家祭祀三皇视为元代医生因地位提高而获得的特权是有偏颇的。但是，尽管三皇祭祀并非始于元代，其在全国范围内蓬勃发展则在元代无疑。危素曾言“郡邑遍祀，咸秩无文，未有盛于我皇元也”，正是对这种蓬勃发展局面的描述。事实上，早在金元之交，中国北方就开始出现医家在地方上自己祭祀三皇的现象。
元好问所撰《三皇堂记》，便记载当时太原医生赵国器，为“吾业当有所本也”而造大屋祀三皇之事。入元以后，祭祀三皇更是得到官方的大力支持。元成宗时期，官方还要求全国各地兴建三皇庙，仿儒家释奠礼通祀三皇。
仅就《全元文》所收的以“三皇庙”为题的记文、碑文，就有近７０件，地域覆盖范围极广，从大都、济南、卫辉等华北中原地区，到昆山、常熟、淳安、浦江等江浙地区，到袁州、抚州等江西地区，到陕西地区，甚至到广南的增城、潮州，福建的福州等地，都有修建三皇庙的记载。
实际上，覆盖三皇庙的地区要远远大于上述地区。如关外的上都，也建有三皇庙，虞集所撰《刘正奉塑记》便提到“予所见又有上都三皇庙，尤古粹，造意得三圣人之微者，亦正奉之所造也”。也有的地方，祭祀三皇的场所并不独立建庙，而与学校合二为一。
如浮梁州、奉化州、江阴州，便只建三皇殿于医学学校中。还有的三皇庙虽也有记文、碑文，但未得流传。如黄溍撰《江浙儒学副提举致仕龚先生墓志铭》便提到墓主龚临终前曾“笔作《三皇庙记》”，但未见流传。有些财政实力较足的地方，不但在州一级设立三皇庙，在县下也设有三皇庙。
如江西抚州，从《抚州路重修三皇庙记》《抚州路崇仁县重建三皇庙记》《抚州路乐安县新建三皇庙记》看，其不但在州里翻新三皇庙，且属县亦有翻新和新建三皇庙之举。以此观之，“通祀三皇”确在当时全国得到了较好的贯彻和执行。
三皇庙蓬勃发展的另一个侧面写照还在于当时人们对它的重视，对三皇庙的建设成果被认为是地方官员的主要政绩之一。黄溍在《德清县学祭器记》中提到当地官员在力所能及的时候，不忘翻新三皇庙的祭器，“以次毕新”。
程钜夫撰《凉国敏慧公神道碑》时，介绍敏慧公阿尼哥的主要事迹之一就是在元贞元年（１２９５）“建三皇庙于京师”。邓文原在《浮梁州重建庙学记》则认为当地官员“为政号称廉能”的一个原因是“新三皇殿”。
曹元用撰《县尹孟遵道去思碑》，认为孟遵道之所以令县民怀念不已，原因在于“修县志，葺孔子庙，构三皇祠，百废毕举”。元明善在《县尹张侯德政碑》中谈到“建三皇庙”是一项“所建皆成久利”的工程。
吴海在《潮州路三皇庙记》中认为“兴是役而民乐之，则其政亦可嘉也”。诸如此类，非止一端，可见，地方官是否重视三皇庙建设和三皇祭祀，是与政绩好坏直接挂钩的。贡师泰就提到，如果不重视三皇庙与祭祀，是“渎礼慢士，皆为政者之失”。有的观点认为地方官对修建三皇庙不重视，流于应付，现在看来也是值得商榷的。
一些三皇庙的记文、碑文里会提到旧三皇庙破败、交通不便、规格狭小等问题，实际上这是撰者在为重修新庙作解释，不能据此认为地方官不重视三皇庙建设。事实上，不仅是三皇庙，即便是儒家的庙学也存在上述破败、交通不便、规格狭小等问题。
如吴澄所撰《潮州路重修庙学记》便提到当时毁于兵火而重建的潮州路庙学“潮人以为卑小，弗称王祀先圣之仪”，贡奎的《庐陵县重修大成殿记》也提到当地孔庙“基庳隘，市沟久湮，雨集，辄潦溢廊庑，有司大惧礼弗虔”。
张起岩的《县尹赵公德政碑》记载禹城县尹赵杞在看到当地“儒、医学宫废弛”后，感慨“儒以立纲常，医以扶元化，治理者本如此也，若而废弛，则民趋于邪僻矣”，并迅速“广斋舍”，“葺三皇两庑”。可见，庙宇破旧，需要翻修，并非三皇庙一家独有，更无法从中得出地方官不重视的结论。
还要注意的问题是，尽管修建各类庙宇是地方官为政有道的表现之一，但它对当地的财政能力提出了要求。一般来说，物阜民丰的地方能够更早更好地进行文化建设，条件不允许的地方则稍迟滞。
刘将孙所撰《三皇殿疏》便指出经费不足造成三皇殿建设不善的问题：“三皇设殿，两庑之彩绘未施；诸生朋来，讲堂之构架尚阙。此医门之欠事，顾经费之不赀。”尽管官方于元贞元年要求各地通祀三皇，但并不代表全国各地能在接到政令后整齐划一地修建三皇庙。
如大都，于是年即修建三皇庙，且有中央官员支持，因此创建速度之快，规格之高，在当时全国居首位。建德路则到大德三年（１２９９）始新建，建康路则要到延祐六年（１３１９）始建，而如袁州路分宜县，则一直到后至元五年（１３３９）才新建三皇庙。
有的地方因财力有限，甚至长期寄祀他庙。如增城的三皇祭祀，就因“未置庙，岁春秋有司设主寄祀丛祠中”。还有的地方，一直要到明代才创建三皇庙，如河北省涿鹿县文物部门在县城观音寺内发现的《创建三皇庙记》石碑，就是明代万历年间的。故此，各地何时兴修三皇庙，是与各地发展情况相关，不能因一时一地的情况说明地方官不重视三皇庙建设。
结语
综上来看，通祀三皇，兴建三皇庙虽出于官方一纸行政命令，但迅速引起社会反响，促成三皇庙蓬勃发展，表明了元代社会对三皇信仰的推崇。值得注意的是，这一信仰推崇不仅是当时主祀三皇的医家所推动，更缺少不了儒家的互动和参与。