鲁哀公十六年，这一年夏四月己丑日，孔丘走完了他的一生。《左氏春秋》载，因为孔丘的去世，鲁哀公发出了“旻天不吊，不慭遗一老。”的哀叹。次年，鲁哀公因宅立庙，将其故居被改为祭祀的庙宇，并吩咐人们按时进行祭祀，这便是孔庙最早的样子。
汉武帝罢魏百家、独尊儒术后，孔子的儒家思想成为国家的正统思想，孔庙随即升级成为国家庙宇，后世两千多年间，维修扩建不断，也终究形成了我们今天所看到的样子。
建城：城因庙而建
曲阜南门曲阜，一座被称为“东方圣城”的地方，现在的曲阜县城，是明朝为保护孔庙而建，旧治所在今城东旧县村处。明正德六年，农民起义军“破曲阜、焚官寺民居数百，县治为墟”，武宗下诏以孔庙为中心重筑新城，这座城，被称为明故城。
今天曲阜正南门，被称为仰圣门，上书“万仞宫墙”，这座门正对孔庙大门。以城护庙，以城门为庙门之首，曲阜是独一份的，也只有孔子，能享受这份后世给予他的尊荣。
曲阜一城五门，南门两座，仰圣门在古代只有皇帝亲临才会开启。平时行走开启的东南门为崇信门，这座城门，或许才是曲阜明故城真正的南门。
曲阜北门值得一提的是，曲阜南门并没有仰圣门牌匾，而在曲阜北门。曲阜北门镌刻有两块牌匾。内刻“延恩门”，外刻“仰圣门”。
一南一北两座不相对的城门，也构成了曲阜城的两条中轴线。一条从经曲阜古道穿南门，进入孔庙建筑群；一条由曲阜鼓楼出北门，直达孔林。这两条轴线，皆因孔子而成。
入庙：庙因人而兴孔
金声玉振坊穿过万仞宫墙，泮水桥前立有一石坊，上书金声玉振，用以赞扬孔子名声洋溢广布。泮水桥后为孔庙大门棂星门，棂星为文星，此门象征孔子星宿下凡，文才与天星相比，而棂星门也成为全国孔庙大门的标配。
进入棂星门，为孔庙第一进院落，内立四坊，南为太和元气坊，用以称赞孔子思想为人类精华。北为至圣庙坊，用以标明庙宇名称。东为德侔古今坊，西为道冠天地坊，均是对孔子的赞扬之语。
后过圣时门（孔庙正门）、璧水桥、弘道门、大中门，才真正意义上进入了孔庙。大中门后为同文门，有门无墙，是明朝之前孔庙正门，明朝孔庙南扩，同文门被象征性的保留。
奎文阁同文门后为孔庙第一座主体建筑奎文阁，乾隆御笔亲题阁名，为孔庙藏书阁。奎文阁面阔七间，三层重檐，四层斗拱，采用层叠式木构架，内设两层，中夹有一暗层，歇山顶覆黄瓦，为中国名阁之一。
奎文阁南北两院为石碑林立，北院立有洪武碑、永乐碑、成化碑、弘治碑四通巨型明碑，南院十三碑亭及各朝碑刻。耐人寻味的一点，十三碑亭分别建于金、元、清三代，或许是少数民族统治者，急需标榜文化正统的原因吧。
奎文阁南院为孔庙咽喉，五门洞开，大成门、金声门、玉振门直通中路主体大成殿。承圣门通向东路孔子故宅及家庙所在区域，启圣门通向西路祭祀准备区和启圣祠。
大成殿进入大成门，便进入整座孔庙的核心区域。先是杏坛亭独立院中，亭后大成殿巍然矗立，东西两庑相配，后有寝殿相应，整体院落规制宏大。
大成殿雍正九年重建，面阔九间，进深五间，重檐歇山，黄瓦覆顶。檐下28根龙柱直立，前檐10根高浮雕龙柱均刻二龙戏珠，两山及后檐的18根八棱水磨石柱浅雕云龙。建筑规格之高，为我国现存三大殿堂之一。
大成殿内殿内八斗藻井装饰金龙和玺彩图，天花板错金装龙，悬挂九块清朝皇帝御笔牌匾，神龛供桌均以彩画装饰，只可惜殿内物品均毁于文革。
最后一进院落为圣迹殿，内存明刻孔子圣迹图及顾恺之、吴道子、宋太祖、宋真宗、清康熙、清乾隆等手书真迹石刻。
香火：人因名而受
孔子坐像孔庙中的主要祭祀对象便是孔子。大成殿中，神龛内孔子坐像头戴十二冕之旒，身着十二章之服，手执镇圭，着天子服饰，皆因孔子最高封号“大成至圣文宣王”。显然孔子这样已经过于僭越了，明嘉靖九年，朝廷下令，废除孔子封号，至此，孔子改成至圣先师，担因其备受尊崇，朝廷还是保留了他的帝王装扮。
殿内除孔子外，另有复圣颜回、述圣孔伋、亚圣孟轲、宗圣曾参四配塑像，周边环绕有冉耕、宰予、冉求、言偃、颛孙师、朱熹、闵损、冉雍、端木赐、仲由、卜商、有若十二哲，共享大成殿祭祀。
大成殿东西两庑，用神龛供奉着先儒先贤的牌位，这些人主要是孔孟弟子及历朝历代儒家代表人物。当然也有如诸葛亮这样的忠贞之士的特殊存在，虽然他们没有儒学著作，但在儒家眼中，他们的忠，就是对儒家思想最好的践行。
孔庙寝殿大成殿后寝殿中，供奉有孔子夫人牌位，上书“至圣先师夫人神位”。孔子夫人姓亓官，宋国人，史料几乎没有记述。这样一位普通的女人，在死后可以享受一座面阔七间，进深四间，黄瓦重檐歇山顶的单独建筑的祭祀，这或许在古代，已经是很高的殊荣了。
像孔子夫人这样，因为孔子的缘故，得以在孔庙内受到祭祀的，还有孔子的父母以及他的后人。西路启圣祠及其寝殿，专门用来祭祀孔子父母，用以表彰这对夫妻，为后人诞下并养育了一位圣人。东路故宅和家庙，用来祭祀后世嫡子嫡孙，用以表彰他们对孔子思想的传承。
每年在孔子诞辰，在大成殿前，都要有举行大型祭祀仪式。大成殿前行三献，舞八佾舞，奏中和韶乐，歌颂词。这些已经僭越的祭祀流程，足以见得孔子在历朝历代的地位之重。
回望：名因尊而成
孔子行教像孔子能受到这样的殊荣，绝不单单因为他一个人的缘故。历朝历代的统治者，需要的并不是孔子这个人，而是需要一个能够利于统治的事物。历朝历代的文人，需要的也不是孔子这个人，而是需要一个能够与朝廷高度契合的点。
孔庙碑林号称为中国四大碑林之一，它能够拥有这么多名碑的原因，就在于文人与朝廷，在孔子这个人的思想上，找到了一个高度契合的点。这个点便于朝廷进行管理，也便于文人们抒发自己内心的想法。
祭孔典礼而对于平民来说，在文人与朝廷的配合中，自然产生了孔子高于一切，儒家思想高于一切的想法。这其实也与儒家思想的普适性有一定的关联性，儒家思想提倡的，也是使平民觉得是最适应的。
古代的孔庙，各处不彰显着等级尊卑，今天的孔庙，已然平民大众化。我们可以穿过专用的城门，走过状元专用的石桥，进入文人专用的阁楼。大成殿内，也不需要对孔子磕头礼拜，或许，这才是孔子最初“泛爱众”最好的体现。