日本人并不是唯独不敢动孔庙，事实上，也没动北京的故宫和其他皇室宗庙、园林。当年侵华期间，有日本的学者教授上书军部，要求保护中国的一些文化古迹，其中就有三孔和孟府，岳王庙和岳庙等等。这些地方日军果然没有破坏，而且在轰炸的时候，刻意绕来。
孔儒之道在中国延续了两千年，是各朝各代统治的基础，不变之本，哪怕来自漠北大草原的游牧民族蒙元和来自东北林海雪原的满清都不例外，何况受中华文明影响两千年的日本？
七七事变后，在日寇的最后通牒下，7月28日，宋哲元的29军撤出北平，日寇进驻了这个不设防的文化古都，几乎与此同时，日寇扶植汉奸江朝宗为主席的“北平地方治安维持会”，用以维持地方治安。
这段期间，为了安抚人心、分化瓦解潜在的抵抗势力、骗取国际同情，日本人必须做足表面文章，所以，日寇始终没有骚扰故宫，甚至还在年3月6日，专门在北平孔庙举办了高规格的祭孔仪式。
中华文明能够延续下来，不能不说没有孔家的功劳。中华文明背后是儒家，儒家是一面大旗，孔家就是执手这面旗帜的旗手。旗帜下是一道洪流，洪流中是儒家为代表的诸子百家。孔家在，旗帜就在，旗帜在，各路人马就有目标和信心延续下去。没有孔家这个世家传承，文明延续就可能是个问题，要不，四大文明古国，为何只有中国存在？
树大了，就容易招风，因为根深枝茂，就成为各方拉拢的对象，同时也因为家大业大，责任重大，来不得半点闪失。与各朝各代的合作并存，这也是孔家落人嘴舌之处。可是，孔家不这样做，怎么能传承文化？就拿元朝来说选择对抗，那汉字会不会被中断？历史有时就是这么残酷。远的不说，就看看新疆，谁知道千年前新疆最盛行的是佛教？
还有就是这种行为容易引起公愤，导致占领区人民的普遍反抗。历史上这种事情并不少！
田单齐国将领田单诱使燕军行暴，派人散布谣言，说害怕燕军刨了齐国人城外的祖坟。有勇无谋的骑劫听到谣言后居然上当了，他派兵去把燕国先祖的坟墓都挖开，并把尸骨堆起来焚烧。齐国人在城上看到后，恨得咬牙切齿，誓死与燕军决一死战。最终，田单采用诈降的方法，全歼齐军，尽复失地70余城，大败敌人。
其实不要说日本人，所有侵略者都是如此。
英国人在印度，强迫印度教徒和穆斯林用嘴咬开带有猪油和牛油的子弹壳，导致印度土兵大暴动。
所以，每一个外来者如果有野心统治当地，都会对当地的宗教和名门望族加以利用，安抚人心，以有利于自己政权建立，除非对抗到非暴力解决。来个杀鸡给猴看，威慑一片。所以日本不会动孔庙，否则就不会挟持末代皇帝建立满洲国了。毕竟，蒙元是教训，满清是经验，何况研究透了中国的日本？