孔氏家庙，是孔子的后代祭祀孔子的地方。最为熟知的自然是山东曲阜的那一座。曲阜是一座小城，全市五分之一的人都姓孔，“千年礼乐归东鲁，万古衣冠拜素王”。孔子是世界上最伟大的哲学家之一，中国儒家学派的创始人。
不为人所熟知的是，自宋朝以后，孔氏分成了”北孔“和”南孔“两宗，”北孔“还在山东曲阜，而”南孔“则在浙江衢州，这两处都有孔氏家庙，这个家族与国家的命运紧密的联系在了一起。
衢州孔庙面积不算大，占地20多亩，大约只有曲阜孔庙的1/15左右，也没有来来往往的游客，显得非常安静，是一座具有江南特色风格的花园建筑。
北宋末年，由于金人南侵，宋朝的政治中心南迁，宋高宗赵构建都于临安（杭州），孔子第四十八代衍圣公孔端友，负着孔子和孔子夫人的楷木像，离开山东曲阜，南迁至此，后敕建孔氏家庙，为宗庙。
衢州孔氏家庙，宋宝祐元年(年)始建，比曲阜孔庙晚了多年。这座孔庙经过三迁三建，于明正德十五年(年)迁于现址。
南宗孔庙无论是建筑规模还是厅堂面积，都比曲阜孔庙小了不少，建筑风格也有所不同，比不上曲阜孔庙的富丽堂皇。曲阜孔庙与北京故宫和承德避暑山庄并称为全国三大古建筑群，已是世界文化遗产。
衢州孔庙的建筑结构，分为孔庙、孔府和后花园三部分，孔府即是奉祀官府，奉祀官的前身即为“衍圣公”，为孔子嫡长子孙的世袭封号，始于年。
孔氏南宗迁到浙江衢州后的一百多年内，并未建立家庙，因宋高宗以为不久后即能复国，赶走金人重新回到北方，“冀鲁疆之复，曲阜之庙可修”。
直到宝祐元年（公元年），宋理宗用现实的态度，以“宗子去国，庙当从焉”为理由，准衢州知州孙子秀之请，拨款三十万缗，建孔氏家庙于衢州东北隅的菱湖之滨。后又多次迁址。
在衢州孔氏家庙思鲁阁正殿前神龛内安放的孔子及亓官夫人楷木像，是孔府最珍贵的祖传瑰宝，历代都正视之为国宝。孔子及亓官夫人楷木像，在南宗家庙度过多年后，曾于年时被借给北宗曲阜孔氏家庙落脚。
元朝建立后，元世祖欲统一孔氏二宗，让南宗仍回归山东，而南宗却申奏朝廷，意谓已有五代祖先在衢，舍之不忍，并愿将世袭之“衍圣公”封号让于北宗孔氏族弟承袭。南宗孔庙远不如北宗山东曲阜孔府孔庙保存完好。故人们至今只以北宗曲阜的孔氏家族为正宗。