地处浙江省西部、钱塘江源头的衢州市，是圣人孔子嫡系后裔的世居地。孔子作为中华民族伟大的思想家、教育家和儒家学派的创始人，其儒家学说成为两千多年来众多帝王的治国方略和万千大众处事的学习楷模，而衢州作为中国儒学的“南孔圣地”，“南孔文化”也成为其最具识别度的城市标志。
始建于宋宝祐元年(年)的衢州孔氏南宗家庙，坐落在衢州市区府山街道新桥街，是中国仅有的两座孔氏家庙之一，素称“南宗”(北宗：山东曲阜)。由于衢州孔庙有皇家祭祀功能，受到历代朝廷的眷顾与支持，衢州的城市地位也得到提升，后来衢江通海路，孔子学院传世界，也为衢州提升了海外知名度。
据史料记载，北宋末年，金兵南侵，孔子第四十七世孙、衍圣公孔端友背负着孔子和亓官夫人(孔子夫人)的一对楷木像(据传为孔子学生子贡所刻)、唐代吴道子所绘先圣遗像等传家珍宝，率余族人离开山东曲阜，随高宗赵构南渡，后定居衢州并敕建孔氏家庙为宗庙。
随着孔氏嫡裔在衢州建庙立家，繁衍生息，衢州成为孔氏家族的第二故乡，而由于南宋和金的长期对峙，出现了长达多年南北两宗并存的局面。此后的数百年间，因衢州地处通衢要冲，战火不绝，南宗孔庙也难逃厄运，屡遭浩劫，导致现在人们大多只知曲阜孔庙，却鲜有人知道衢州孔氏家庙。
年，衢州孔氏家庙经过全面修缮，作为衢州市历史博物馆舍对外开放。整个建筑群基本按照山东曲阜孔庙的规模建造，占地约平方米，分为孔庙、孔府及后花园三部分，主体建筑有头门、大成门、大成殿、东西两庑、思鲁阁、圣泽楼等，虽历经各代多次维修，仍保留宋代的建筑形制和规模。
值得一提的是，曲阜孔氏家庙只是孔氏家族祭祖的场所，而衢州的家庙却同时承担着官方祭孔场所和孔氏祭祖专祠两个任务，因此具有官庙和家庙两种身份。大成殿门楣上方的“生民未有”匾额为清朝雍正皇帝题写，意为：自有生民以来，从来没有像孔子一样至高无上的圣贤。
大成殿内正中供奉着至圣先师孔子塑像，横梁上悬挂着十余块历代皇帝的御书匾额，其中的“万世师表”匾额为清朝康熙皇帝题写。自孔子第四十七世孙、衍圣公孔端友至今，孔子嫡裔在衢州已繁衍生息二十八代。孔氏家族的到来，使得衢州儒风日盛，耕读传家的文化血脉流传不息。
孔氏后裔南迁衢州后，时常思念故乡曲阜。为寄托思乡之情，他们在大成殿西侧建造了一座天下孔庙所没有的建筑——思鲁阁。每当乡愁袭来时，孔家人便登上思鲁阁，北眺故里，这也是孔氏衢州家庙的特色所在。
思鲁阁正殿前的神龛内安放着孔府最珍贵的祖传国宝——孔子及亓官夫人楷木像。相传这是孔子得意弟子端木子贡为孔子守墓六年，难以抑制对恩师的思念之情所刻，被公认为世界上最早的孔子像。年，楷木像被曲阜孔氏家庙借走，此后一直未归，现在思鲁阁里供奉的为复制品。
思鲁阁除存放有孔子及亓官夫人楷木像外，还矗立着一块高2.07米、宽0.米的先圣遗像碑。石碑正面的“先圣遗像”，系唐代著名画家吴道子的名作。据记载，该石碑由孔子第四十七世孙孔端友从曲阜带来，现已成为衢州孔氏家庙的“镇庙之宝”。